《帝國艦隊 》採用即時操作的戰鬥模式，玩法不隨主流，獨樹一幟。即時掌控艦隊的行動，才能如實感受戰場的氛圍。艦隊由5艘軍艦組成，我們可以單獨操作一支軍艦，也可以全選所有軍艦一同操作。戰鬥內軍艦會依據最大的攻擊範圍顯示出火力圈。只要敵軍進入火力圈軍艦便會自動開火，而我們要操控的便是軍艦的移動，保持軍艦的火力覆蓋範圍 也要避免進入敵方的火力範圍。【艦隊戰】兩支艦隊發生的戰爭行為即為艦隊戰，雙方彼此操作自己的艦隊直至對方艦隊全軍覆沒，獲得勝利。戰鬥內僅能查看到自己的火力範圍，而無法查看到對方的火力範圍。因此需要提前預判敵方的火力範圍是否有大於我方的範圍，並且要注意軍艦武器上的裝填時間，做到一發現立即開炮的無縫銜接，才是艦隊戰的絕對王者。注意！對方如果有潛艇參戰，我們是看不到潛艇的哦！
【基地戰】
對其餘玩家的基地發動攻擊，即為基地戰。基地戰的意義便在於掠奪資源，擊毀倉庫、大本營都可以獲得大量的資源，但前提是可以擊中目標並且將其擊毀。基地防禦如同塔防一樣的玩法，但需要精明的計算每個陸地的位置，並合理的分配炮臺，搭配炮臺武器。做到敵軍路線單一並且被我方炮臺火力覆蓋，那就基本可以高枕無憂了。而作為攻擊方的玩家，需要看穿對手的城防弱點，指揮艦隊7進7出，以最少的損失換取最大利益。
